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苹果手机查询已删除的短信，可以通过以下几种方法。
1、iTunes备份：如果您在删除短信之前使用了iTunes备份您的iPhone，那么您可以从备份中恢复已删除的短信，在电脑上打开iTunes，然后找到恢复备份的选项，选择最近的备份文件，从中恢复数据，完成恢复后，您可以在短信应用中查看已删除的短信。
2、专业数据恢复软件：您可以使用一些专业的数据恢复软件来找回已删除的短信，使用“数据恢复向导”软件，连接手机后选择“短信恢复”功能，按照提示操作即可，还有其他类似的数据恢复软件，可以根据需要选择。
3、iCloud备份：如果您有iCloud备份开启，也可以通过iCloud备份恢复删除的短信，在iPhone的【设置】中，找到【iCloud】，然后开启对应的备份选项，连接网络后，系统会自行同步备份数据到云端，一旦误删了重要信息，可以登录iCloud官网，找到信息备份进行查看和恢复。
4、第三方短信应用：如果您使用了第三方短信应用（如WhatsApp, Telegram等），那么您可以在这类应用的对话记录中查找删除的短信。
这些方法的有效性取决于您在删除短信之前是否已经进行了相关备份或同步操作，使用第三方软件时请确保软件的可靠性，避免造成数据泄露或损坏。
操作可能涉及个人隐私和数据安全，请在操作前确保遵守相关法律法规和规定，如果不确定如何操作或担心操作风险，建议咨询专业人士的帮助。